Bất chấp việc Qa'a đã có một vương triều lâu dài và thịnh vượng, có nhiều bằng chứng cho thấy rằng sau khi ông qua đời, một cuộc nội chiến giữa các hoàng tộc khác nhau đã sảy ra nhằm tranh đoạt ngai vàng bỏ trống. Trong ngôi mộ của viên đại thần Merka, một chiếc bình đá với tên của một vị vua khác là Sneferka đã được tìm thấy. Hiện chưa rõ liệu "Sneferka" là một tên gọi khác của Qa'a hay chỉ là một vị vua sớm nở chóng tàn khác. Những nhà Ai Cập học như Wolfgang Helck và Toby Wilkinson còn chỉ ra một vị vua bí ẩn khác nữa có tên là "Horus Chim", tên của ông ta đã được tìm thấy trên những mảnh bình vỡ và có niên đại thuộc vào thời kỳ cuối của vương triều thứ nhất. Họ đã mặc nhiên thừa nhận rằng cả Sneferka và Horus Chim đã tham gia vào cuộc chiến tranh giành ngai vàng nhưng sau đó vua Hotepsekhemwy lại mới là người kết thúc cuộc nội chiến và cuối cùng trở thành vị vua sáng lập nên Vương triều thứ hai của Ai Cập. Manh mối củng cố vững chắc thêm cho giả thuyết này đó là vết tích của những vụ cướp mộ và dấu vết của hỏa hoạn đã được tìm thấy trong các ngôi mộ hoàng gia ở Abydos. Những con dấu bằng đất sét của Hotepsekhemwy được tìm thấy trong ngôi mộ của Qa'a có thể cho thấy rằng ông ta đã khôi phục lại ngôi mộ hoặc tái an táng Qa'a, có thể là nhằm để hợp thức hóa sự cai trị của ông ta.[2][4]